Od tego czasu ciągnie się spór między byłym kierownictwem Autonomy i HP. Michael Lynch odrzuca oskarżenia. Twierdzi, że HP miało wgląd w księgi przed transakcją i doskonale wiedziało co kupuje. Na wniesienie sprawy do sądu byli menedżerowie Autonomy odpowiedzieli swoim pozwem. Żądają od HP ponad 100 mln funtów rekompensaty za rozpowszechnianie nieprawdziwych informacji i kampanię oszczerstw.

Według nieoficjalnych informacji fałszerstwa wskazywane przez HP dotyczą m.in. obrotów uzyskiwanych przez Autonomy ze sprzedaży oprogramowania. Np. łączono oprogramowanie ze sprzętem w pakiety, upłynniając je ze stratą, by zwiększyć obroty. „Koszty” takiego biznesu wpisywano jako wydatki na marketing. Szefowie Autonomy wyjaśniali, że w Wielkiej Brytanii obowiązują inne niż w USA standardy księgowości, a HP stosowało je nawet po akwizycji.

Sprawę zarzutów HP badał brytyjski urząd ds. zapobiegania oszustwom, ale nie ustalił nic konkretnego. Trwa dochodzenie prowadzone przez amerykańskie organy. Jego wyniki nie są jeszcze znane.

Artykuł HP pozwało szefów Autonomy. Żąda 5 mld dol. za oszustwa pochodzi z serwisu CRN.