Rozdzielenie płatności (split payment) polega na tym, że przedsiębiorca ma dwa konta, na które klienci odprowadzają należność – na jedno cenę netto, a na drugie VAT. W ten sam sposób firma płaci swoim dostawcom. Dysponentem rachunku vatowskiego będzie urząd skarbowy. Ma on służyć do uregulowania należności przedsiębiorcy wobec fiskusa – skarbówka sama ściągnie z niego odpowiednie kwoty. O ile po rozliczeniu VAT-u na rachunku pozostaną środki, będzie można je przeznaczyć na inne cele (czy dowolne, na razie nie wiadomo), a przede wszystkim na opłacenie innych podatków. Przedsiębiorca będzie musiał jednak poprosić o zgodę na to urząd skarbowy.

Według Dziennika Gazety Prawnej z projektu wynika, że rozdzielona płatność nie będzie obowiązkowa. Dla firmy oznaczałaby mniej środków do dyspozycji – bo przedsiębiorca nadal będzie kupować towary za cenę brutto (nie licząc produktów objętych odwrotnym obciążeniem), a sprzedając je otrzyma w praktyce tylko cenę netto, bo VAT od razu pójdzie na konto kontrolowane przez fiskusa.

Wejście w rozdzieloną płatność miałoby natomiast lepiej chronić przedsiębiorcę przed problemami z fiskusem, np. solidarną odpowiedzialnością za niezapłacony przez kontrahenta podatek. Jednak zgodnie z projektem nie w każdym przypadku możliwe będzie uniknięcie takich konsekwencji, nawet gdy firma rozliczy się na zasadzie split payment.