Komisja Europejska nałożyła na koncern karę w wysokości 561 mln euro, ponieważ w Windows 7 po zainstalowaniu Service Packa 1 (wydanego na początku 2011 r.) zniknęło okno, służące do wyboru przeglądarki. Problem długo pozostał nierozwiązany (lipca 2012 r. według ustaleń KE dotknął 15 mln użytkowników), dlatego uznano, że producent nadużywa w ten sposób dominującej pozycji na rynku. Tymczasem Microsoft zgodnie ze zobowiązaniem z 2009 r. miał zapewnić użytkownikom Windowsa łatwy wybór przeglądarki.

Postępowanie antymonopolistyczne przeciwko Microsoftowi KE wszczęła w czerwcu 2012 r. po skargach konkurencji. Producent tłumaczył sprawę przeglądarek błędem technicznym. Kara, choć niemała, mogłaby być o wiele wyższa – jej maksymalny dopuszczalny wymiar to 10 proc. rocznych przychodów firmy (za ub. rok), czyli 7,4 mld dol. (5,7 mld euro). Według przewodniczącego KE Microsoft został jednak potraktowany łagodniej, gdyż wcześnie przyznał się do winy, współpracował z KE i podjął kroki w celu usunięcia problemu. 

W 2008 r. KE w ukarała Microsoft kwotą 899 mln euro za zawyżanie opłat licencyjnych za informacje techniczne (co również podpada pod nadużywanie dominującej pozycji). W 2012 r. sąd w Luksemburgu zmniejszył wymiar kary do 860 mln euro.