W ramach e-kontroli fiskus sprawdza dane pobrane od podatnika w wersji elektronicznej. Według DGP programy, jakimi dysponują organy podatkowe, umożliwiają weryfikację dokumentacji pod względem zgodności z prawem i rzetelności informacji, dają także większe możliwości sprawdzania danych z systemów księgowych firm. Z sondy przeprowadzonej w 16 izbach skarbowych wynika, że w tym roku przedsiębiorcy powinni częściej liczyć się z e-kontrolą. Najwięcej tego typu czynności przeprowadziła mazowiecka skarbówka – 507 w I poł. 2011 r., wobec 392 w całym 2011 r. Weryfikacji danych z przedsiębiorstw z użyciem systemów informatycznych często podejmują się także ograny podatkowe w województwach śląskim i dolnośląskim. 

W połowie 2012 r. za 160 mln zł Ministerstwo Finansów wdroży system informatyczny ułatwiający kontrole i przetwarzanie danych na potrzeby fiskusa. Nadużycia będą wykrywane sprawniej – zapewnił DGP dyrektor administracji podatkowej resortu.