W 2009 r. organy skarbowe przeprowadziły 1528 kontroli w e-handlu, stwierdzając uszczuplenia podatkowe na kwotę 10 mln zł. Od stycznia do czerwca 2010 r. sprawdzono 1056 podmiotów i wykryto nieprawidłowości na 7 mln zł. Kontrole sprzedawców aktywnych w Internecie są jednym z tegorocznych priorytetów fiskusa, gdyż – zdaniem organów podatkowych – wielu handlowców nie rejestruje działalności i nie płaci podatków, a zarejestrowane podmioty zaniżają przychody.

Kontrolerzy typując sklepy do sprawdzenia przyglądają się m.in. transakcjom na portalach aukcyjnych. W organach skarbowych powstają wydzielone komórki do monitorowania e-handlu. Np. referat utworzony w izbie skarbowej w Bydgoszczy w ciągu 1,5 roku sprawdził sklepy o łącznych obrotach 480 mln zł. Jak przyznał przedstawiciel fiskusa, większość podmiotów omijała przepisy. Poinformowano o rosnącej liczbie urzędników wyspecjalizowanych w kontroli handlu internetowego. Od początku roku przeszkolono w tym zakresie ok. 400 osób. Ponadto fiskus zyskał nowy oręż w walce z nieprawidłowościami – udostępniony bezpłatnie szwedzki program do wyszukiwania i identyfikacji podmiotów handlujących w sieci. Organy skarbowe odnotowały także wzrost liczby doniesień dotyczących handlu internetowego.

W razie wykrycia nieprawidłowości sprzedawcom grozi mandat, grzywa, a nawet kary za przestępstwa skarbowe (uchylanie się od opodatkowania i oszustwo podatkowe).